Utiliza o mesmo sistema de luta em duplas inaugurado em X-Men vs. Street Fighter. Adicionou alguns características ao sistema de jogo, como poder chamar o parceiro para executar um movimento especial na tela, podendo neste meio tempo, controlar o jogador que havia na tela.

A maioria dos personagens Street Fighter do jogo anterior retornaram, com exceção de Cammy e Charlie, que foram substituídos por Dan e Sakura. Contudo, todos os personagens de X-Men (com exceção de Cyclops, Wolverine e Omega Red) foram substituídos por personagens de Marvel Super Heroes (Wolverine faz parte desse jogo).